Les collections géologiques ont également toujours été présentes au Séminaire royal de Bergara depuis l'époque des Lumières. Rappelons que pour les besoins des études pionnières de minéralogie et de métallurgie, commencées en 1777, le Séminaire disposait d'un riche cabinet minéralogique à l'organisation et à l'enrichissement duquel ont participé, entre autres, Ramón Mª de Munibe et Fausto Elhuyar. La collection minéralogique a perduré tout au long du XIXe siècle, s'enrichissant avec l'entrée de nouveaux matériaux, comme ce fut le cas en 1872 lorsque l'ancien séminariste, éminent ingénieur et géologue et président de la Commission de la carte géologique de l'Espagne, M. Felipe Bauzá, fit don à l'Institut d'une riche série de minéraux provenant de sa propriété.
Le matériel géologique conservé jusqu'à aujourd'hui s'élève à 369 fossiles et 1181 minéraux. Malgré l'abondance relative des pièces et l'importance documentée de ces matériaux tout au long de l'histoire académique de l'institution, les recherches historico-scientifiques récentes n'ont pas encore permis d'établir des dates ou d'identifier avec certitude des groupes de matériaux anciens.
