Las colecciones geológicas también han estado siempre presentes en el Real Seminario de Bergara desde la época de la Ilustración. Recordemos que para las necesidades de los pioneros estudios de mineralogía y metalurgia, iniciados en 1777, contaba el Seminario con un rico gabinete mineralógico en cuya organización y enriquecimiento intervinieron entre otros Ramón Mª de Munibe y Fausto Elhuyar. La colección mineralógica perduró durante todo el s. XIX, siendo enriquecida con la entrada de nuevos materiales, como ocurrió en el año 1872 cuando el antiguo seminarista, eminente ingeniero y geólogo y Presidente de la Comisión del Mapa Geológico de España, Sr. D. Felipe Bauzá donó al Instituto una rica serie de minerales de su propiedad.

El material geológico conservado hasta nuestros días asciende a 369 fósiles y 1181 minerales. A pesar de la relativa abundancia de piezas y de la documentada importancia de estos materiales a lo largo de la historia académica de la institución, la reciente investigación histórico-científica de las mismas no ha permitido aún establecer dataciones ni identificar con seguridad antiguos grupos materiales.