Les dépôts sont des espaces muséaux en principe non accessibles aux visiteurs. Comme leur nom l’indique, il s‘agit d’un lieu où sont déposées et conservées les pièces de collections du musée qui ne sont pas présentées au public dans l’exposition permanente. Ces espaces sont des salles convenablement aménagées, avec des supports muséographiques et un mobilier spécial pour la conservation appropriée des pièces, une par une, avec la place et la stabilité suffisantes, mais tout en restant facilement accessibles pour leur manipulation. Ce sont des espaces qui réunissent les conditions ambiantes et de propreté idéales pour une bonne conservation des spécimens. 
Les éléments conservés aux dépôts sont utilisés en général pour les expositions temporaires ou les activités didactiques de vulgarisation. À l’exemple de toutes les autres pièces, ils sont documentés (détermination, siècle et inventaire) et étudiés, répertoriés et, au besoin, restaurés. Enfin, les pièces d’acquisition récente qui entrent au musée ne sont normalement pas exposées tout de suite au public. Chaque pièce est d’abord soumise à un processus d’évaluation, nettoyage – si nécessaire –, détermination, inventaire, siècle, classification et – au besoin – restauration, à la suite de quoi elle sera conservée au dépôt dans un endroit spécifique. 
