Le musée Laboratorium a été inauguré le 25 septembre 2015 par la Ville de Bergara, à l’issue d’un travail de longues années qui a demandé l’effort de nombreuses personnes.
C’est en 1981 que la Ville de Bergara décide de créer le musée, mais la récupération des collections scientifiques du Séminaire Royal exige un énorme travail. En 1981 ont lieu les premières tentatives de constitution du musée. Elles sont confiées à des groupes de bénévoles, dont notamment Promoción Cultural Bergaresa ou le comité ouvert ; mais l’on ne parvient à le professionnaliser qu’à partir de 1991.
C’est alors que commence la phase de réalisation des travaux urgents de conservation, inventaire, en recherchant, restaurant et préparant ainsi les pièces que l’on peut contempler au musée. À l’issue d’une période de réflexion et de choix des pièces, les travaux de conception du musée débutent et l’on définit le futur musée.