El museo Laboratorium fue inaugurado el 25 de septiembre del año 2015 por el Ayuntamiento de Bergara, tras un trabajo de largos años que ha requerido el esfuerzo de muchas personas.
Fue en 1981 cuando el Ayuntamiento de Bergara decidió crear el museo, pero la recuperación de las colecciones científicas del Real Seminario ha exigido una ingente labor. En 1981 se realizaron los primeros intentos de conformación museística, a cargo de grupos de voluntariado, entre los que destaca Promoción Cultural Bergaresa o la comisión abierta; pero sólo se consigue profesionalizarlo a partir de 1991.
Es entonces cuando comienza la fase de realización de las urgentes labores de conservación, inventariado, investigando, restaurando y preparando de esta manera las piezas que se pueden observar en el museo. Tras un periodo de reflexión y selección de piezas, comienzan las labores de proyección del museo y se define el futuro museo.